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[数据分析] 分享一个Neuroscan的avg数据画图软件 ? [复制链接]

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楼主
发表于 2011-10-19 23:58:06 |只看该作者 |倒序浏览
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:01 编辑

? ?? ? 这次分享给大家的主要是一个画ERP图形的软件,软件仅支持*.avg文件,软件里面有读.dat文件的窗口,但暂时还不能读dat文件。
? ?? ? 软件的使用方法也算是比较简单,对于一些简单的需求基本都可以满足,比如做一系列条件的叠加,差异波,逐点的T检验等等。
1.软件的安装
? ?? ???如果你的机子上有matlab,将附件下载之后,解压之后将matlab的默认路径设置为解压后的文件夹(感谢emily找出bug)
? ?? ? 使用时只需要在matlab中输入ERP_tool,回车就可以了。
? ?? ? 如果你的机子上木有matlab,将附件解压后会发现里面有个exe文件,当然直接点这个exe文件时无法运行的,它会提示你在你的机子上缺少XXX.dll文件。这个时候你需要去网上下一个关于matlab 的东西安装上,安装完毕之后就可以直接点exe文件运行(当然下载的这个东西是R2009a,由于这东西150M左右,这里无法上传,大家如果要用就辛苦去网上找一找,或者安装一个matlab都行,matlab版本没太大限制,应该2007年之后的都可以用)
2. 软件的使用
如果你成功打开这个软件,那么恭喜你差不多就可以用了。出来的界面见下图

在菜单中会有个数据处理工具,还有一个常用工具,暂且现在每个菜单中只有一个功能,数据处理工具中是画图的功能,常用工具是一个批量改文件名的东西。这两个功能都能用。
文件类型中可以选择 .avg 和 .dat,但.dat 不能用,只能使用.avg的。
下面文件路径格式就是需要你将你所要分析的所有.avg文件都读进去。这里需要注意的一点就是在用neuroscan对数据初步处理时,其时间段要一致的,比如都是-200ms 到800ms 的,否则这里会出错。
现在假设我们有3个被试的数据,其中每个被试处理之后的数据有4个类型,这样我们要加入12个AVG文件
假如这12个avg文件在电脑中存在d:\data路径下,并且每个被试我都用一个文件夹将其装进去,并以sub1 sub2 sub3来分别命名文件夹,在每个文件夹中装有4个avg文件,分别命名为subx_SLL,subx_SLR,subx_SHL,subx_SHR(x分别代表被试1,2,3)
也就是这12个文件的路径是
d:\data\sub1\sub1_SLL.avg
d:\data\sub1\sub1_SLR.avg
d:\data\sub1\sub1_SHL.avg
d:\data\sub1\sub1_SHR.avg
d:\data\sub2\sub2_SLL.avg
d:\data\sub2\sub2_SLR.avg
.
.
.
d:\data\sub3\sub3_SHR.avg
这个时候我在文件路径格式中就只需要填写
d:\data\people\people_type.avg
然后在people list中填写
sub1
sub2
sub3
在type list中填写
SLL
SLR
SHL
SHR就可以将这12个文件全部读入
换个简单的说法就是在文件路径格式中用people代替文件路径中表示被试的字符,用type代替路径中表示类型的字符,同时在people list 中和 type list中填写具体所代替的字符即可。
填写完毕之后可点击OK读入数据,这时候下面的详细信息就会提示你读了那些数据,并在最后显示读入数据的信息,读入电极数据的信息以及一些基本信息。
如果左边的3个红块变绿,那么证明数据都已经读入,这个时候就可以做后面的事情。如果没变,那么就说明读入有问题,试着看能不能解决,解决不了可以下面发帖问。如果都变绿那么就可以将你输入的这些东西保存一下,点save,在出来的对话框中输入一个名字,点OK就好,如果下次还要处理这个数据,上面的东西就不需要再填写了,只需要load你存的那个文件就好。
随后就可以进入画图的程序(如果那3个红块没变绿是不能进行后一步的)
点击数据处理工具,选择画图工具,会出来这样一个界面

首先填写分块 ,这里分块是说你希望在一幅图中画几幅erp图形,m,n 代表画m行,n列图形。输入完后点击figure,就变成后面这样(我画的是2,2)

这个时候就出现一个figure,同时在 被试 类型 电极3栏中出现了一些东西,这些东西就是你在前面填写的people type以及从你数据中读进去的电极名称
下面就可以画图了
首先这个figure分为了4块,2行2列,其中分别为figure1 到 figure4
在块信息中有个选择块的下拉菜单,这个是控制你后面画图要画到哪个figure上,比如我选择figure1 那么后面画的波形就在figure1上面。下面的坐标轴位置,块名称,显示范围 x轴名称 y轴名称 就是你当前选择的这个figure的一些信息,这些信息是可以提供自己修改的
其中显示范围[x轴最小 x轴最大 y轴最小 y轴最大]中间用空格或者逗号隔开都可以
坐标轴位置就是坐标轴焦点的坐标
块信息里面修改的仅仅是对选中的那个figure而言的
下面的线信息
线名称是你将要画的这条线的名称(在画前填好)
然后就是重点了,如何去画图
现在读入的文件就是我的一个实验的数据,其中有12个被试,每个被试有8个条件,用的是32导的电极帽
如果我想画这12个人关于ldvn这个条件在T5上总平均的图
这个时候我需要选中 被试 那栏中的AVG??类型那栏中的ldvn 选中电极中的T5 ,点击下面的右箭头,这个时候就会在箭头后面的那栏中出现一行字{AVG}_{ldvn}_{T5}这个就代表你所画的那个数据,这个时候你只需要点击add按钮,就会有图出现了
??
默认线条是line1 line2这样排序的,如果你有自己的名称就在add之前在线名称中写就好
同是选择线中会加入你画的这条线的名称,这样在你后面对这条线修改之类的就有用了,如果你觉得你画错了,那么就先选中那条线,再点DEL就可以了
如果我想画这12个人关于ldvn和ldvp这两个条件在T5上总平均的图(也就是ldvn和ldvp这两个类型也平均进去)
那么和前面一样,只不过同时在类型中同时选ldvn和ldvp就好(ctrl+单击 选择可以多选,shift+单击 可以多选连续的),这个时候点击箭头就会出现{AVG}_{ldvn|ldvp}_{T5}
如果我想画12个人关于ldvn和ldvp这两个条件在T5和T6上总平均的图(也就是ldvn和ldvp在T5 T6 上这四个东西平均起来)
同理在电极上同时选T5 T6 即可,点击箭头就会出现??{AVG}_{ldvn|ldvp}_{T5|T6}
如果不想画总平均,想画单个被试的,同理。。。其实那个框如果你弄懂规律了也可以自己输入~输入完点击add即可加入波形
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
如果想画差异图,即想画这12个人关于ldvn在T5上总平均的图和这12个人关于ldvp在T5上总平均的图的差异图
那么就先选 AVG ldvn T5 点箭头,然后在输入框中加一个 -??然后再选AVG ldvp T5??这样在那个输入框中就会出现
{AVG}_{ldvn}_{T5}-{AVG}_{ldvp}_{T5}??点击add即可
也就是说输入框中是可以支持运算符号的,+ - * / 都可以
其中两个波形 是可以 +??-? ?但不能直接 *??/? ?但可以使用.* 和./??这样是表示这两个波形逐点相乘和逐点相除(话说这个功能似乎没太大用)
一个波形是可以任何和一个数字进行 + - * / 的,意义就是这个数字对波形的每个点做 + - *??/
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
如果你懂一些matlab 中的函数,那么这个画图会更强大
比如输入 double({AVG}_{ldvn}_{T5}>{AVG}_{ldvp}_{T5})??表示{AVG}_{ldvn}_{T5}波形比{AVG}_{ldvp}_{T5}大的区域
也就是说{AVG}_{ldvn}_{T5}比{AVG}_{ldvp}_{T5}大的时间点会画1,小的时间点会画0 (这个似乎有会有些用)
或者输入 0.05*ones(size({AVG}_{ldvn}_{T5}))? ?可以画出一条横线,其纵坐标值为0.05
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
可以做逐点的t检验
其输入格式为
ttest(波形1,波形2,type)
其中波形1和波形2必须是AVG下的,对单个被试不能使用,type可以选择0或者1 其中0表示这两个波形是不相关的,也就是被试间设计,1表示波形是相关的,也就是被试内设计
例如??ttest({AVG}_{ldvn}_{T5},{AVG}_{ldvp}_{T5},1)
这时点add会画出一条p值图。
当然画完图是可以保存的,在figure的菜单中点另存就可以了,建议存为eps格式的图形~同时在网上可以下到一个GSview,用来打开这类图形~画出的图形是很漂亮的

。。。。。。。。。。。。对这个软件再一些详细的介绍。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
在画图的那个对话框中 在分块的后面,块信息中以及线信息中都有一个详细设置,对这些设置进行操作,可以画出自己想要的图形,并且能简化一些操作流程
1.分块后面的详细设置
这个设置最好是在点击figure之前就进行设置,因为在蹦出那个figure窗口之前,就会用到里面的一些设置参数,如果在点击figure之后设置,出来的figure里面的一些参数任然是使用默认的参数
点击分块后面的详细设置,会出来这样一个界面

块默认名称: 这里填写的是default,及默认设置,在这个设置下,点击figure之后,蹦出来的图命名是以figure 1 ,figure 2。。。这样的顺序。在使用的时候,根据自己的需要,可以在块信息中的块名称中修改,但这样每次只能修改当前的一个块的标题,如果画的块比较多,这样一个个的修改会比较麻烦,所以就可以在点击figure之前预先设置块的名称,一个名称占一行,写完回车,按顺序添加自己想画的块的标题,修改之后再点击figure之后,就会按照默认的名称画初始的图形(如果你需要画的块的个数超过你设置的名称个数,那么会循环,比如你填写1,2,3 并且要画2*3块,这样画出的块的名称就是 1,2,3,1,2,3)
线默认名称: 这个和块默认名称差不多,就是在画波形的时候按你设置的默认名称进行命名。(其中是按照每块中的线条加名称)如果看不懂,可以自己进行尝试一下~(注意:这个和后面线信息当中的线名称冲突的时候是以这个为标准,话说如果你不想让其自己命名,那么要讲这里面填写default)
标题字体大小:顾名思义是用来控制每块的标题的字体大小(这里只有在点figure之前设置才有用,否则默认10号字体)
线默认颜色以及线默认线型 : 这个用来设置在某个块中依次画线条时候,控制线条的颜色以及线型(这里是先循环线型,再循环颜色)
线条颜色??:是用[R G B]三色来设置的,其中每个数值从0变化到1的,比如1 0 0 就表示红色,0 1 0 表示绿色,0 0 0表示黑色 0.5 0.5 0.5 表示灰色 1 1 1表示白色等等~这里所有的数字要用一个中括号括起来,里面用逗号或者空格来分开每种颜色的R G B值,用分号分开每种颜色,譬如图中就是[1,0,0;0,0,1;0,1,0]就是【红色,蓝色,绿色】
线型??: 熟悉matlab的人知道,在matlab中画图中的线型只有4中,分别是 实线 :-? ?虚线 :--??点线 : .??还有一短线一长线的虚线 : -.? ? 其中用大括号将整体扩住,然后填写你希望的线型顺序,其中线型要用单引号框住,线型之间用逗号隔开。这里就是设置了两种线型 实线 以及 虚线
综合先线型后颜色的规律??如果在一个块中画多条线,按照图中的这个设置,其线条类型顺序为 红色实线 红色虚线 蓝色实线 蓝色虚线 绿色实线 绿色虚线 然后再循环。。。
大家可以根据自己的需求进行设置。。。。
点确定能返回到前面那个窗口。
--------------------------------------------------------------
2.在块信息中的详细设置
这个按钮是必须在点figure之后才能点的,否则会报错~原因是其需要从你选择的块中读入一些信息,并且这个里面的设置是针对你选择的那个块的,也就是说改里面的一些参数只会影响到你选择的那个块,其他块是不变的。
点详细设置后会出现下图

X轴间隔 : 用来调节X轴每隔所对应的宽度,默认是200ms分隔 ,修改之后,X轴标识以及figure的图中都会有相应的变化
Y轴间隔 : 同上
X,Y轴标识 : 这个是用来控制X轴上每隔分隔下面的标识,也就是写的那些-200 0 200 400 等~由于一些投稿的需要,画出的图形要越简洁越好,所以有些杂志会要求途中坐标轴上尽量的减少标识。比如Y轴一般就只需要写明最大值是多少,最小值是多少即可。这时可以直接删除这个框内的东西,这样在坐标轴上就没有标识了,下图是我做的一些效果

figure 1 中就是将X轴标识和Y轴标识都删了样子,看起来比较简洁,一般如果画这样的图就需要在下面有个标尺,但加标尺考虑到图中所有的标尺都应该相同这个问题,这里就没有提供这个功能,当然一些杂志是需要必须那种格式,那么在这里就先把所有的东西都去了,最后用PS在图的某个地方P一个标尺就好,虽然这样比较麻烦。。。
figure 2 这里就是留下的最大值和最小值,这样看起来也会简洁很多,做法就是在标识那栏中删除中间的标识,留下两头的标识就好(但切记删除中间的标识,但不要把那行删没了,实在觉得不行,可以将中间的标识用空格代替也成)
figure 3 这里就是说明一下标识是可以换成任意的字符。。。比如上面写 我是0 (感觉好呆。。。哈哈)
figure 4 是默认的格式。。。
注释字体大小:也就是当你画了一条线之后,那条线在图中所对应的名称的字体大小,改了这个之后,后面画的线的注释字体都会变
翻转Y轴: 填写on和off ,on表示翻转Y轴,off表示不翻转??(我觉得这个是ERP的一个特色吧~~)
点确定后返回
------------------------------------------------------------------------------------------------------
3. 在线信息中的详细设置
这个按钮是必须选择到某条线的时候才能点,单击按钮之后会出现这样一个界面

这个是刚开始的界面,平滑图例还是空的,但是当你改了平滑点数以及平滑幅度之后,在平滑图例中就会出现图形
线条宽度 线条颜色 线条线型? ?这个是用来修改选定的那条线条的宽度 颜色 以及线型
最后说一下这个平滑
其中平滑点数是要求填写大于等于1的整数??平滑幅度是必须填写一个大于等于1的数,修改之后如下图

这样就会出现一个bar图,其中如果平滑点数是m,那么就会出现2m-1个bar,成对称分布,其最高的值与其次高的值相比就是平滑幅度,最后这些bar的值相加起来等于1 ,也就是说这些bar值就是一个权重,平滑后的波形就是对原始图形关于这个权重的一个卷积
假设??原始波形为??1? ? 2? ? 3? ? 6? ? 4就5个点,然后我选平滑点数为2 平滑幅度为2??这样权重就为0.25 0.5 0.25,这样平滑处理就是
1? ?? ?1*0.5+2*0.25
2? ?? ?1*0.25+2*0.5+3*0.25? ?? ?
3? ?? ?2*0.25+3*0.5+6*0.25
6? ?? ?3*0.25+6*0.5+4*0.25
4? ?? ?6*0.25+4*0.5
可以看到两端的点权重求和不为1。这个时候就需要多注意一下。
当平滑点数以及平滑幅度是1的时候,即不做平滑处理(同时这个平滑处理时对你整张figure上的每条线都做相同的处理,而不是仅仅对其中一条线做,这个和线详细信息中别的参数不同)
简单说平滑点数越多,幅度越接近1,那么平滑的程度越大,波形也就越好看~~~~
下面可以做一个对比
不做平滑的图形

用 10??1.5? ?做平滑后的结果

切记:平滑可以让你的波形漂亮很多,但别平滑的太过分了,否则波形失真了那么研究就成了表面工作了~这里推荐平滑幅度为2
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
最后答疑一下沙发
电极文件载入路径 那个是针对dat格式的数据,而现在那个格式还木有加进去,所以只是一个摆设~如果读.avg文件,文件中会自带电极名称以及一些信息,程序中会自动帮你加载这些电极信息
如果要在一个图形中画多个条件的波形,那么直接继续添加就可以,因为毕竟每个图形没有限制说只能画一条线~
还有关于颜色问题,这个figure的图形看起来很不好看,仔细观察一下似乎是2个坐标轴重合在一起,因为matlab的画图比较渣,只能将坐标轴放在图形的周边,解决将坐标轴放到中间的方法就有两种,一种是在图中画两条线,即自己去画出X 轴和Y 轴,但这样做不好是其中那些小段很难弄,要自己一条条line的画上去,后面调整起来会很麻烦,所以有大神想出这样的方法,其实每幅图中有3组坐标轴,一组是将X轴颜色变成白色,留下Y轴,一组是将Y轴颜色变成白色,留下X轴,中间隐藏掉,这样看起来就似乎就把X,Y轴画在中间,其实还有一个主坐标轴被完全隐藏起来了,所有的图形也都画在了这个被隐藏的坐标轴上。这个画图的背景是设为灰色,但保存之后的背景是白色,这样那两条白线就看不到了~所以这个不要担心。
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
最后的最后,在figure中会有一些小工具,这些工具是matlab自带的,但对我们也很有用

这个是用matlab打开的,所以里面会有很多工具,如果直接用exe打开的,里面的工具也许就没那么多,但下面介绍的这个功能是有的
其中从左数第10个工具是可以在画出的线条上单击,这个时候就会显示当前的坐标信息,这个非常有用~
还有figure上线条的名称是可以用鼠标拖动来设置其位置,当然也可以单击鼠标右键,里面可以对其做一些设置~
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
介绍完了。。。吐血中。。。。。若有问题去找那个板凳。。。
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谢谢提醒,马上处理: 5.0
gululu ?学习一下? 发表于 2018-5-24 20:14:12
beiyuan ?谢谢提醒,马上处理: 5
非常强大? 发表于 2013-9-21 13:05:06
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终于能将cnt处理后的数据写成avg文件了。。。给力哇~~

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人生最遗憾的莫过于坚持了不该坚

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发表于 2011-10-20 10:57:34 |只看该作者
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:01 编辑

楼主 试用了一下 不错
但是能不能再说一下电极文件载入的路径,
颜色的调整,多条件显示在一张图上 等等操作呢

新滴友

嗯,大家好!

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发表于 2011-10-20 13:08:47 |只看该作者
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑

详细manual还没写,改天奉上

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发表于 2011-10-20 13:20:43 |只看该作者
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑

好,比我自己设计的要好
非常感谢

!机会只会垂青于有准备的人! !努力可以改变很多,比如说,命运!

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发表于 2011-10-20 21:13:53 |只看该作者
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑

楼主 试用了一下 不错
但是能不能再说一下电极文件载入的路径,
颜色的调整,多条件显示在一张图上 等等操 ...[/quote]
我后面又更新了一些说明,你看一下,如果有啥问题可以再留言~欢迎帮忙找bug~

终于能将cnt处理后的数据写成avg文件了。。。给力哇~~

新滴友

嗯,大家好!

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发表于 2011-10-20 23:20:32 |只看该作者
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑


新滴友

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本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑

楼主补充的不错 试用后再请教楼主哦

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本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑


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发表于 2011-12-10 18:37:46 |只看该作者
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑

您好,邮件我收到了,非常高兴,非常非常感谢您,真的是解了燃眉之急啊,再一次感谢您!祝您工作顺利!圣诞快乐!及元旦快乐! O(∩_∩)O, :-D)!

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发表于 2011-12-10 19:47:32 |只看该作者
本帖最后由 lililili 于 2015-5-8 09:02 编辑

我读入avg文件的时候,显示"电极文件载入失败,请检查avg文件路径及standard-10-5-cap385.elp文件是否存在"。我的channel location用的是10-20系统64导联再加2个眼电,前面提到的那个电极文件我也有,可是读入就是不成功,恳请您指点一下!

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