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[DTI/DWI] 我们课题组开发的DTI数据处理软件PANDA已经发布了 ? [复制链接]

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发表于 2012-6-7 09:45:17 |只看该作者 |倒序浏览
本帖最后由 HeartEternal 于 2015-9-7 10:23 编辑

大家好:

? ? 我们课题组开发的DTI数据处理软件PANDA已经发布

? ? 网址:http://www.nitrc.org/projects/panda/

? ? 欢迎大家试用,有问题,请反馈

? ? 它有以下几个特点:

? ???数据处理:
? ???1)全自动处理
? ?? ?? ?(1)以DICOM或NIfTI数据为输入,全自动地对弥散磁共振数据进行处理,可自动处理任意数量的被试。
? ???2)多结果输出
? ?? ?? ?(1)从输入数据可直接处理获得voxel水平、atlas水平、TBSS水平分析所需要的结果。
? ?? ?? ?(2)确定性纤维追踪,可得到全脑纤维,结果是一个.trk的文件,用户可用Trackvis打开,画ROI,进行统计分析。
? ?? ?? ?(3)网络构建,可以得到三类连接矩阵:Fiber count matirx; FA matrix; Fiber length matrix。
? ?? ?? ?(4)概率纤维追踪与网络构建,可以得到一个连接矩阵,存放的是脑区之间的连接概率。
? ? 并行处理:
? ? 1)如果在一台机器上使用这个软件,软件可以自动并行这台机器的多个核处理作业。
? ? 2)如果在一个集群环境(如SGE)下使用该软件,软件可以自动并行多台机器的核处理作业。
? ? 程序中途中止、参数修改:
? ? 1)如果程序中途中止运行,用户可以load在运行时保存的配置文件,再次点击“RUN”。程序会自动检测哪些作业已完成,哪些未完成,并从中止点开始运行。
? ? 2)如果用户修改了一些之前设置的参数,重新点击“RUN”,程序会自动重新运行与该参数相关的步骤,而不会运行其它步骤。
? ? 状态监控:
? ? 1)主界面中有“Monitor Table”,用户可以通过这个table监控作业的运行情况。
? ? 2)关闭PANDA后再次重启PANDA,用户可以load配置文件,该作业的运行情况会自动显示在PANDA的“Monitor Table”中。
? ? 子工具:
? ? 1)在Utilities中包含四个独立的数据处理工具,分别用于单独地做TBSS、BedpostX、脑区划分、纤维追踪与网络构建(确定的与概率的),它们都是可以并行运行的。
? ? 2)在Utilities中有三个小的工具,分别用于DICOM Sorter(将机器中扫出来的DICOM文件分出不同的序列);Image Converter(可以进行.img,.nii,.nii.gz三种格式之间的转换);Files Copyer(将文件拷贝到某一个指定位置)。
? ? 界面友好:
? ? 1)一个非常友好且易于使用的图形用户界面,通过界面设置参数。
? ? 后台运行:
? ? 1)点击“RUN”之后,程序是在后台中运行,用户可以关闭PANDA,也可以关闭Matlab。

再续

PS:
1) PANDA输出的结果文件的说明以及中文简介:http://home.52brain.com/thread-16553-1-1.html
2) PANDA的视频教程:http://home.52brain.com/thread-16601-1-1.html
3) PANDA的文章:http://home.52brain.com/thread-18089-1-1.html4) PANDA第二版本发布:http://52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=18321&extra=
5) PANDA虚拟机版本(虚拟机内已装好ubuntu,matlab,fsl,PANDA可正常使用):http://home.52brain.com/forum.ph ... =1&extra=#pid162646
6) PANDA 1.3.0 版本发布:http://home.52brain.com/thread-27125-2-1.html





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dyt811 + 30 PANDA Acronym. Nice.
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发表于 2012-6-7 10:21:12 |只看该作者
好东西,顶一下

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发表于 2012-6-7 11:12:07 |只看该作者
能安装window7系统吗?
看到好像都是Linux系统的。

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发表于 2012-6-7 11:17:57 |只看该作者
yiweidujiang 发表于 2012-6-7 11:12
能安装window7系统吗?
看到好像都是Linux系统的。

PANDA中大部分操作是基于FSL的
FSL只能在Linux下使用,所以PANDA只能在Linux下使用

建议你尝试一下Linux,
比如FSL,afni等功能强大的软件都只能在Linux下使用

其实,环境弄好,PANDA的使用是非常简单的
图形化操作界面,自动从DICOM/NIfTI处理得到DTI各种分析所需的数据

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发表于 2012-6-7 12:49:49 |只看该作者
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发表于 2012-6-7 14:12:17 |只看该作者
楼玉的有可以rss的博客吗,ths
How stereotypes affect information processing?

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本帖最后由 HeartEternal 于 2014-7-15 20:14 编辑
tangnuo 发表于 2012-6-7 14:12
楼玉的有可以rss的博客吗,ths

我的百度博客,欢迎访问
http://hi.baidu.com/heart_eternal
有问题,请留言

网址http://www.nitrc.org/projects/panda/中有我们的邮箱
也可以发Email

点评

hcp4715 ?百度的博客访问不了啊? 发表于 2012-6-7 23:47:12

正式滴友

一个人的价值应该看他贡献什么而

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明天用一下,非常感谢!

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好东西顶下
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